Ottenuta l'aggregazione, i confratelli formalizzarono la costituzione con atto rogato il 21 dicembre 1578 a mezzo notar Giovanni Leone Grillo. Dall'atto, di cui purtroppo si sono perse le tracce, la Congregazione risulta essere stata fondata da Padre Andrea da Napoli, suessano, Guardiano del Convento dei PP. Conventuali di San Francesco in Sessa Aurunca. Ora è difficile stabilire se furono proprio i monaci a fondare la Confraternita oppure se il loro fu solo un sostegno esterno. Una cosa è certa: la storia di questa Confraternita è sempre stata legata ai monaci francescani, non fosse altro perché da allora l'Arciconfraternita stabilì la sua sede presso la Chiesa di San Giovanni a Villa, annessa al Convento di San Francesco, dove ancora oggi si svolgono le sue attività spirituali.

   Scopi della sua fondazione furono, oltre a quello di incrementare la formazione spirituale dei confratelli, il desiderio di prestare assistenza ai confratelli stessi, ai loro familiari ed ai meno abbienti. Ogni domenica, ad esempio, a turno, i confratelli facevano visita ai carcerati e spesso l'Arciconfraternita si assumeva l'onere di pagare i debiti di chi era detenuto proprio in conseguenza di mancati pagamenti.


   Conservando alcune caratteristiche proprie delle Corporazioni, come la mutua assistenza dei consociati, gli iscritti all'Arciconfraternita avevano sempre la stessa provenienza di ceto, ed infatti l'appartenenza al ceto nobile era condizione essenziale per entrarne a far parte. Era difficilissimo, comunque, essere ammessi, sia perché si limitava il numero degli iscritti, sia perché, essendo riservato ai figli dei confratelli il diritto di ammissione senza altra formalità che la richiesta, erano sempre meno gradite le nuove adesioni. Ogni nuova richiesta doveva essere sottoposta ad una particolare votazione con palline bianche e nere, e molto raramente le palline bianche, la cui maggioranza significava assenso all'ammissione, eccedevano le nere. Dopo circa due secoli, le regole originarie, modificate in conformità delle nuove leggi del tempo, il 7 aprile 1777 ricevettero il regio assenso dal Cappellano Reale.

- Statuto Congregazione del SS. Crocifisso - Anno 1777 »

   Nell'anno 1633 l'Arciconfraternita fondò la Congregazione del Monte dei Morti, in vita ancora oggi, che aveva lo scopo precipuo di svolgere attività spirituali e materiali in suffragio dei confratelli defunti e delle anime del Purgatorio. Si facevano elargizioni ai poveri, si aiutavano i confratelli più bisognosi per l'età o perché inabili al lavoro, si somministravano doti alle figlie ed alle sorelle dei confratelli che si sposavano o diventavano monache, si manteneva l'asilo infantile della città, si celebravano Sante Messe e funerali solenni per chiunque avesse donato beni al Monte. E di beni ne affluirono in grande abbondanza, anche se in buona parte furono poi «incorporati» dallo Stato Italiano dopo il 1870. Si dotò anche di due Cappelle Cimiteriali, in conseguenza della proibizione che non consentiva la sepoltura nelle Chiese, come era avvenuto sino agli inizi dell'Ottocento. Bisogna precisare che la Congregazione del Monte dei Morti, seppur fondata da quella del SS. Crocifisso, risultò sempre autonoma rispetto a questa. Fu, infatti, la prima Congregazione ad ottenere il regio assenso sia sulla fondazione che sulle regole; aveva un proprio statuto, propri confratelli ed era amministrata da un collegio di governatori fra cui doveva obbligatoriamente esserci un dottore in legge. L'autonomia di questo ente era però solo parziale; spettava, ad esempio, ai confratelli del SS. Crocifisso eleggerne i governatori ed erano sempre questi ultimi a deliberare su tutte le questioni più importanti. Il Monte dei Morti, oggi incorporato all'Arciconfraternita del SS. Crocifisso, è l'unica testimonianza ancora esistente di questo tipo di enti, un tempo molto diffusi in città.

- Statuto Congregazione del Monte dei Morti - Anno 1632 »

   L'attività dell'Arciconfraternita del SS. Crocifisso trova, però, un freno nel 1966, quando l'Ordinario Diocesano decretò la sospensione di tutte le Confraternite di Sessa Aurunca, che vissero un lungo periodo di gestione commissariale ecclesiastica. L'Arciconfraternita del SS. Crocifisso e Monte dei Morti fu però la prima ad essere ricostituita dallo stesso Ordinario Diocesano nel mese di Dicembre 1981. Da quel momento ha ripreso in pieno la sua attività, cercando di conciliare le esigenze di modernità con il massimo rispetto della tradizione.

Oggi la confraternita, solo maschile, conta ben 122 confratelli, ed è particolarmente attiva nel settore dell'assistenza ai bisognosi ed ai meno abbienti. Molta cura viene anche riposta nella conservazione e nel mantenimento del cospicuo patrimonio storico-artistico della Congrega ed in particolare dei Misteri e delle Cappelle Cimiteriali. I suoi confratelli si riuniscono, per la celebrazione della S. Messa comunitaria ogni 1° Venerdì del mese, in occasione dell'Esaltazione della Croce, il 2 novembre presso la Cappella Cimiteriale, e per l'Ottavario dei Defunti, quando in una suggestiva cerimonia si distribuisce ai partecipanti pane scuro ed un rametto di rosmarino (simboli di morte e di resurrezione).    L'Arciconfraternita, inoltre, organizza corsi di catechesi per i confratelli e per i novizi, incontri di riflessione ed accrescimento interiore e ritiri spirituali nei momenti forti del calendario liturgico, oltre a due processioni, in occasione del Corpus Domini e per la Festa dei Santi Patroni di Sessa Aurunca nella giornata del Lunedì in Albis. Vengono organizzati anche pellegrinaggi, convegni ed incontri con altre confraternite del SS. Crocifisso italiane e straniere. La particolarità dell'Arciconfraternita, però, è nel suo essere protagonista delle più belle manifestazioni della Quaresima e della Settimana Santa di Sessa Aurunca: i Sermoni dei Venerdì di Marzo, la Via Crucis nelle Domeniche di Quaresima, il canto del Miserere, la Processione Penitenziale del Martedì Santo, la celebrazione dell'Ufficio delle Tenebre e soprattutto la notissima Processione dei Misteri del Venerdì Santo.